《机动战士高达UC RE:0096》将故事设定在宇宙世纪 0096 年，围绕拉普拉斯计划展开。主角巴纳吉·林克斯本是一名普通学生，却因机缘巧合登上了拟亚加玛号，并成为独角兽高达的驾驶者。在这个动荡的时代，新吉恩残党势力妄图利用拉普拉斯之箱达成自己的政治目的，引发了一系列激烈冲突。巴纳吉在驾驶独角兽高达的过程中，不断成长，逐渐理解了自己的使命。他与拟亚加玛号上的伙伴们并肩作战，在一次次战斗中，不仅要面对敌人强大的机体，还要应对复杂的政治阴谋。故事中，独角兽高达的变形能力、NT-D 系统的强大威力等元素，为战斗增添了许多精彩看点，同时人物之间的情感纠葛和成长历程也十分动人。